组织样本 DNA 纯化
大多数动物组织可以用裂解缓冲液和蛋白酶/蛋白酶 K 进行高效裂解。在加入裂解液之前需要将组织切成小块，有条件的话建议使用 TissueLyser 或研钵等提前进行均质化。骨骼肌，心脏，皮肤等组织含有收缩蛋白，结缔组织和胶原蛋白，所以利用蛋白酶 / 蛋白酶 K 进行充分消化是必须的。
FFPE 样本进行 DNA 纯化时需要预裂解。福尔马林可由 PBS 洗涤除去，石蜡可由二甲苯和乙醇进行去除。在蛋白酶消化后提高孵育的温度有助于逆转交联，以便更好的从 FFPE 组织中释放 DNA，从而有助于提高 DNA 产量和改善下游检测性能。 从 FFPE 中得到的 DNA 通常比从新鲜或冻存样本中得到的 DNA 分子量小；DNA 降解的程度则取决于样本类型，储存时间和固定的条件。
从微量样本中纯化 DNA
微量样本中 DNA 的含量很低，通常小于 5 ng DNA, 通常需要使用 carrier RNA 来提高产量（不会影响下游分析检测）。如果需要使用 carrier RNA，那么在测量 OD 的时候会因为使用 carrier RNA 造成浓度测量有偏差（因为 RNA 在 260 nm 也有吸收）。
推荐使用 QIAamp DNA Micro Kit 从微量样本中进行 DNA 纯化，该试剂盒采用 MinElute 硅胶膜柱，洗脱体积可以低至 20 μl，同时通过两步洗涤去除 PCR 抑制剂等污染物，最大程度从微量样本中纯化 DNA。
从血液样本中纯化 DNA
血液样本可以是新鲜或冻存全血或干血片，由于血液样本在采集后会迅速凝固，所以通常在采血时使用 EDTA，柠檬酸盐或肝素进行抗凝。经过抗凝处理的血液样本可以直接用于 DNA 纯化，需要注意的是使用的 DNA 纯化方法需要能够去除上述抗凝剂，以免干扰下游 PCR 检测。全血也可以在 DNA 纯化前先进行白细胞富集等再进行 DNA 纯化。
从血液中纯化 DNA 的产量很大程度上取决于血液中的白细胞数量，而白细胞数量则和血液的供体情况有很大关联（如贫血或感染都会造成白细胞数量变化）。上述情况必须在进行 DNA 纯化前就应该考虑到。此外，有些动物有有核血，这意味着这类样本中含有更多的 DNA，在从此类血样中纯化 DNA，上样量需要减少 10 倍左右。
从细胞中纯化 DNA
1.哺乳动物细胞可以使用蛋白酶 K 进行裂解
2.酵母细胞需要首先使用溶菌酶对细胞壁进行处理，然后使用蛋白酶或蛋白酶 K 进行消化
3.许多细菌细胞可以使用裂解 buffer 和蛋白酶 / 蛋白酶 K 进行裂解，某些细菌如革兰氏阳性菌需要预先使用溶菌酶对细胞壁进行处理
4.细菌细胞需要先从生物体液中沉淀，然后从中纯化细菌 DNA，拭子样本需要先使用杀菌剂进行预处理然后再离心
5.使用机械裂解会比用酶消化的效果要好，尤其是针对革兰氏阳性菌或真菌而言
