CD69是一种型跨膜糖蛋白，由199个氨基酸组成，包括40个残基的细胞内区，21个残基的跨膜区和138个残基的细胞外区 细胞外区有特征性的Ca2+依耐性糖基识别区域 CD69通常以同源二聚体形式存在，由分子量为28kD和32kD的2条链经二硫键连接，这2条链由分子量为22.5kD的多肽链通过不同的糖基化组成。
CD69在细胞活化中的作用
CD69自被发现后，其初始研究基本上是关于它在细胞活化中的作用 CD69可在几乎所有髓系细胞中表达 但除了在血小板和单核细胞中有持续的低水平表达外，CD69在其它细胞静止状态下并不表达，而是在细胞激活后表达 早期的研究主要集中于它在T细胞和NK细胞中的表达，诱导CD69表达的机制主要是PKC的激活和细胞内Ca2+水平的持续增高，阻断PKC通路可直接抑制CD69的表达。CD69在活化细胞中的快速表达并不仅仅作为一个标记分子，事实上，它更重要的作用是作为细胞共刺激信号进一步增强细胞的活化或增殖分化
CD69在细胞凋亡中的作用
虽然CD69在细胞活化中的有着重要作用，但近年来的研究显示，CD69的表达在体内与细胞的凋亡密切相关。在体内活化的具有CD69高表达的T细胞在体外易于快速自发凋亡，CD69-/-小鼠腹腔和脾中淋巴细胞存活率增高，凋亡明显减少，脾淋巴细胞在激活后的凋亡明显低于野生型小鼠，并有凋亡信号caspase-3的活化减少。研究发现PMA刺激后CD69高表达的Eos亦有凋亡的显著增加；国外有人在Eos体外培养时，加入antiCD69mAb可增加细胞凋亡，伴有抗凋亡信号B细胞淋巴瘤/白血病-2( B-cell leukemia-lymphoma,bcl-2) 表达下降的报道，且CD69与抗体的交联所诱导的Eos凋亡并不受周围环境中GM-CSF的影响。可由CD69介导的凋亡细胞主要为活化的嗜酸性粒细胞和单核细胞。关于CD69介导细胞凋亡的分子机制仍不明确研究显示CD69介导的单核细胞凋亡与3个不同的信号通路相关: ( 1) 依赖于NO；(2)与磷脂酶A2/磷脂氧化酶级联反应相关；(3)受百日咳毒素( PTX)敏感的G蛋白影响，且三者都是诱导单核吞噬细胞凋亡的必要不充分条件。
